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El día de hoy me encontraba en la red platicando con amigos de la comunidad linuxera de El Salvador, y entre los temas de los que se hablaba estaba el asunto de los proyectos de computación distribuida, y donde parece haberse despertado nuevamente un interés creciente por el proyecto como SETI de la Universidad de Berkeley, este proyecto se dedica a analizar señales de radio en busca de “inteligencia extraterrestre”, tengo que admitir que años atrás, participe activamente en ese proyecto, sin embargo, con el tiempo mis prioridades cambiaron y lo abandone, hoy luego de platicar con mis colegas, amigos y compañeros linuxeros, les expresaba mi punto de vista sobre el tema y pensé en compartirlo con un grupo un poco mas extenso de personas, a pesar de que es interesante el tema de conocer “si hay vida fuera de aquí”, desde un punto de vista meramente científico, pienso que las ventajas que ofrece la computación distribuida pueden aplicarse a cuestiones mas palpables y cotidianas, y estuve mencionando como es mejor hacer uso de nuestro tiempo y nuestros computadores para contribuir en proyectos que están orientados a analizar proteínas o bien cadenas de ADN con el fin de encontrar curas para muchas enfermedades que están presentes en el mundo y que tanta gente padece.

Dicho esto, quería comentarles acerca de un proyecto de este tipo el cual se llama Folding@Home y es de la Universidad de Stanford; este proyecto tiene como objectivo comprender el plegamiento y agregación de las proteínas, y las enfermedades relacionadas con estas. Ahora dejenme textualmente de la pagina del proyecto explicarles en palabras mas sencillas lo que acabo de decir :)

¿Qué son las proteínas y por qué se “pliegan”?

Las proteínas son los motores de la Biología – sus “nanomáquinas”. Para poder desempeñar sus funciones bioquímicas primero se deben auto ensamblar, o “plegarse”. El proceso de plegamiento de las proteínas, a pesar de ser crítico y fundamental virtualmente para toda la Biología, continúa siendo un gran misterio. No sorprende, por tanto, que cuando las proteínas no se pliegan correctamente (es decir, cuando se “mal pliegan”), puedan producirse consecuencias graves, que incluyen a enfermedades ampliamente conocidas, tales como el  Alzheimer, de la vaca loca (Encefalopatía Espongiforme Bovina), de Creutzfeldt-Jacob, la Esclerosis Lateral Amiotrófica, el mal de Parkinson, y muchos tipos de cancer y síndromes relacionados con el mismo.

Ahora porque sabiendo que la mayoría de personas que van a leer este correo no son científicos, ni biólogos, ni nada parecido, les mando este email? Simple, la verdad es que, desde que era muy pequeño, uno de mis mas grandes sueños fue ser un gran científico y poder ayudar a la humanidad, y estoy seguro de que así como yo también hay muchas personas que tuvieron y tienen ese sueno, al mismo tiempo así como yo conosco personas que sufren con varias de las enfermedades que mencione anteriormente, así hay muchos de ustedes que bien o conocen personas así o aun peor tienen familiares que están pasando por esa situación, y al ver estas cosas, en su corazón se alberga un anhelo por poder hacer mas por estar personas, yo soy Cristiano y tengo la certeza de que Dios es un Dios de milagros y que nada para el es imposible, sin embargo también soy fiel creyente de que el nos dio la capacidad y el poder de hacer cosas a nivel espiritual pero también a nivel “terrenal”, y a lo que voy es que, Dios nos dio la capacidad intelectual de poder crear, y general grandes cosas, entre ellas muchos de los milagros actuales de la ciencia, y creo que apoyando proyectos como este, podemos poner nuestro granito de arena para que las personas a las cuales Dios les ha dado esa inteligencia y dones especiales, puedan seguir avanzando y traer respuestas medicas a esas personas que sufren.

Genial, pero todavía no entiendo ¿Como puedo ayudar?

Es muy fácil la verdad, solo se necesita descargar un programa cliente del proyecto. Este programa, ha sido diseñado de tal manera que hace que cada vez que una nueva computadora se una al proyecto, se obtenga un importante crecimiento de la simulacion que se realiza como parte del estudio del comportamiento de las proteínas.
Este programa es muy fácil de instalar y configurar, y una vez que se haya instalado y configurado realmente funciona solo y no hay necesidad de hacerle nada, solo dejarlo que analice segmentos de datos y los envié a lo investigadores del proyecto, para hacer esto se necesita estar conectado a internet aunque sea por ratos y tener la compu encendida, nótese que no quiere decir que la tengamos día y noche encendida, pero al menos mientras estamos navegando, chateando y revisando emails podemos aportar nuestro granito de arena, y solo sacrificamos una pequeña porción de los recursos de memoria y procesador de nuestra computadora.

En fin si a alguno le interesa ayudar en el proyecto o conocer mas al respecto esta es la pagina principal del proyecto http://folding.stanford.edu/Spanish/Main

Para descargar el programa cliente pueden ir a esta direccion: http://folding.stanford.edu/Spanish/Download

Durante la instalación del programa se les preguntara el nombre de usuario, ahí pueden poner su nombre si gustan o algún sobre nombre, y para el “Team” o “Equipo”, les extiendo la invitacion de unirse a mi equipo el cual es: 139093

Saludos

Miguel.

Para aquellos me conocen mas de cerca, no es un secreto que yo llevo bastante tiempo sin tener acceso de Internet en casa, como dicen “casa de herrero, cuchillo de palo”, parte de las cosas que están bien mal en este país es el pésimo monopolio de comunicaciones que tenemos, donde la calidad de los servicios es baja y la cobertura es limitada, todo es un dolor de cabeza para cosas que en nuestra era tecnológica deberían de ser cotidianas y sencillas, en todo caso al fin logre que me instalaran una conexioncita de 4megas en mi casa para poder continuar con mis labores de investigación y desarrollo en diferentes ares científicas, software libre etc etc que he dejado de hacer por algún tiempo.

El reto que no me imagine esperar fue la parte del firewall, me he desecho de todo el hardware que tenia pues quería renovar equipos sin embargo al no tener conectividad antes lo único que tenia y tengo aun conmigo es mi laptop, una UltraSparc 5, y un switch 3Com 10/100… obviamente la idea fue usar la Ultra para el firewall, sin embargo me tope con algo interesante, al tratar instalarle varias instalaciones de GNU/Linux me tope con el mismo problema en todas, a pesar de que reconocía sin problema mis tarjetas de red, no era posible poder establecer comunicacion con el DHCP server de mi proveedor, y definir estática la IP que le asignaba al laptop no funciono tampoco, después de buscar y buscar por todos lados sin respuestas y de pelearme algunas veces con proveedor, decidí probar como trabaja OpenBSD sobre Sparc64, la verdad es que no lo quería hacer porque quiero revivir el trabajo para los ports de Sparc y UltraSparc en OpenSDE, pero ni modo, toco porque necesito firewall, después de máximo 10 minutos, ya tenia mi lindo firewall instalado y funcionando sin problemas, por alguna razón en OpenBSD no tuve el problema que tuve con GNU/Linux con el DHCP, por ahora lo dejare así porque necesito conectar otros dispositivos a mi red, y necesito seguridad, veré si consigo otra maquina para la labor de firewall para poder liberar la Ultra y encontrar la raíz del problema que tuve con GNU/Linux y también continuar mi trabajo con OpenSDE. En todo caso por ahora estoy tranquilo y me siento muy satisfecho con el desempeño de OpenBSD para firewall, de verdad que es punto y a parte… aunque vengan los “flames” de mis colegas linuxeros pero es la verdad.

# uname -a
OpenBSD fw01hm.codetux.com 4.1 GENERIC#1099 sparc64
# dmesg | grep -i CPU
cpu0 at mainbus0: SUNW,UltraSPARC-IIi (rev 1.3) @ 269.806 MHz, version 0 FPU
cpu0: physical 16K instruction (32 b/l), 16K data (32 b/l), 256K external (64 b/l)
#

Oficialmente estoy abierto a nuevas propuestas de proyectos y donaciones de hardware :)

Lamentablemente por razones de permisos en mi trabajo me sera imposible poder asistir al campamento Beraca 2007 en Uruguay, la verdad que me produce tristeza no poder asistir, aún así si no era la voluntad de Dios que asistiera es por algo así que obedeceré y esperare a ver la bendición que tiene Dios para mi.
Igual espero poder asistir el próximo año.
A mis amigos de uruguay les mando un super aguante, les deseo muchos éxitos con el campamento, estaré orando acá intercediendo para que todo sea a bien y que ningún arma forjada por el enemigo vaya a afectarles.
Que Dios les bendiga y mis mas sinceras disculpas.

So I have (voluntarily?) taken over the sparc64 architecture work or OpenSDE… my own Ultra 5 have been broekn for sometime, and I really had not done any work on sparc64 native forquite a long time…. Thanks to our friend sparc-kly we a have box to run test builds http://opensde.ath.cx/

At this moment I’m expriencing some issues with udev:

In file included from udev_sysdeps.h:109,
from udev.h:29,
from udev_device.c:33:
/home/madtux/Devel/opensde/trunk/build/system-trunk-generic-sparc64-ultrasparc/u
sr/dietlibc/include/sys/inotify.h:7: error: expected specifier-qualifier-list be
fore ‘__s32′
udev_device.c: In function ‘udev_device_event’:
udev_device.c:188: warning: cast increases required alignment of target type
udev_device.c:188: warning: cast increases required alignment of target type
Will apply a dirty hack provided by mnemoc just to see if it makes any difference, I’m not quite sure though.

Anyways I will keep people informed on our progress supporting sparc64/32 and again thanks a million to sparc-kly for kindly allowing us to use his hardware for the project.

So I have been informed that the “LinuxLanParty” in el Salvador has been re-scheduled for October 7th and 8th, quite appropiate for me actually because that way I have no conflicts with attending to the “Encuentro de Hombres” from my church which is going to take place on the same dates that the LLP was previously scheduled; also it helps me because I am still slow preparing the Desktop OpenSDE distribution that I want to release on the LLP.

El Churro already offered to use his Sparc and PPC hardware to test and debug the ports, I will be on my side working mostly on x86 and amd64 support… If everything goes well we will be good to go with at least x86, amd64 and ppc on our first release.

Something important, is the fact that we do not have a logo for the distro yet, so thpose who might be willing make a logo proposal please feel free to contact me :)

Other people also willing to contribute time building, compiling testing please let me know… I need all the help I can get :)

During the past couple of days the amount of visits and comments on my blog have increased significantly… unfortunately this comments have been nothing really but a flame war between members of both projects.

I feel quite indignated by this childish attitude… I’ve known the project leaders of both projects for years and even though I know you guys had you differences in the past, this attitudes won’t take you anywhere. I personally believe than in stead they will push away new potencial users on both projects.

I’ve a FreeSoftware developer and promotor for years now… and have seen this type of “issues” before when T2 apeared as a fork for ROCK Linux… god even when dROCK existed there were people having differences…

Guys we are all in the same band here… and we are all part of the big familly of the OSS.. lets just let eachother move on and be happy… life is really simple… you make choices and you don’t look back.

So it’s been a while since I don’twrite anything… as i had mentioned before my posts depend on my time and inspiration… guess in the past few days i have not been in the mood for new posts.. god damn CR goverment arrgg.. aight lets let that go. :)

So I have been doing quite a bit of work with OpenSDE, and feel quite happy to see several member of the “Grupo GNU/Linux de El Salvador” joining us at this early stages on the project, I’m doing my best to provide guidance and support specially for those who have a hard time readin english.

As we I write this I am downloading packages for a new build.. I need to test several base repository updates before I commit them… hopefully nothing will break and no one will scream… ah well we will find out tomorrow :)

Discussing today with the Linux SV group i realized that there is ALOT of interest in people to see XGL working and in general people is curious about what OpenSDE can do.. so I will fix the desktop target and add XGL support to general some livecds and iso to give away at the Linux Lan Party in El Salvador on Septemeber the 23rd and 24th… wish me luck :)

I still have the idea of creating a fork of the Geek Code running on my head.. i would really appreciate to get input, ideas, suggestions from people of the categories we should have on this fork.

anyways.. its been a long day i’m moving to /dev/bed

Due to commercial work related issues I must admit that I had to be away from many of the OSS projects I had been developing… and been done with that “stage” of my life has finally empowered me again to get back to my “beloved” projects, there are new things in line such the new OpenSDE project borned from ROCKLinux and T2, but there are also other projects that I’m slowly coming back to, such as keeping track and rediscovering SELinux and returning to ELKS, this last one really motivated by initiatives from my friend Claudio whom have been making commits and fixes as time allowes it.

I have also began to have the time to enjoy the research part of been a sysadmin.. not jus t killing fires and stopping attacks, but also playing with different technologies, I recently began to look into Qmail, I must say that even though I’m still in ;love with Sendmail, it sure is powerfull, I have taken qmailrocks as my guide to learn my way into it, and quickly developed my own way of customizing and setting up a decent Qmail server, a couple of clients have it and I’m quite impressed with the performance and web based administrtion was easy for the non-experienced admins,  most important clients are happy with it .. God it’s so good to always help people escape from m$ exchange :)

Currently I’m playing around with the different products that RedHat has to offer, rediscovering their internals and getting familiar again with everything, yes there is a porpuse behind it all… I will disclose it when the time is right :)

Long Life to OpenSource and GNU/Linux!

So i spent all night and all day working on OpenSDE, as i mentioned i worked with a few different architectures… things are not as messed with the misc archs as i was expecting which is good.

I was able to run a full x86 build with the minimal template no problem.. its stable and functional.

Experienced problems with sparc and alpha because my gcc does not support -mlong-double-128 .. will work on that later.

Intesrestingly sparc64 moved quite fine, i will be debuggin a bit more tonight:

root@talena:/home/madtux/Devel/OpenSDE/trunk-dev# ./scripts/Create-ErrList -cfg sys-sparc64

Error logs from sys-sparc64-trunk-generic-sparc64-generic-cross:

[1] base/strace

85 builds total, 40 completed fine, 1 with errors.
This is what our friend strace tell us:

/home/madtux/Devel/OpenSDE/trunk-dev/build/sys-sparc64-trunk-generic-sparc64-gen
eric-cross/usr/include/asm-sparc64/page.h:18:2: error: #error No page size speci
fied in kernel configuration
make[1]: *** [strace.o] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/madtux/Devel/OpenSDE/trunk-dev/src.strace.sys-
sparc64.20060819.152801.11159.talena/strace-4.5.12′
make: *** [all] Error 2

Ah well i will spend sometime with it tonight.

I will upgrade coreutils… have patch adaptation work will take place.. i will let ya know how it goes tomorrow or so.

Just cause i like to leave with a smile.. he is the output on the x86 completion:

-> Creating 2nd_stage archive.

Creating 2nd_stage_small filesystem:
-> Copy the required libraries …
-> `- Found lib/ld-linux.so.2.
-> `- Found lib/libblkid.so.1.
-> `- Found lib/libc.so.6.
-> `- Found lib/libcom_err.so.2.
-> `- Found lib/libdl.so.2.
-> `- Found lib/libe2p.so.2.
-> `- Found lib/libext2fs.so.2.
-> `- Found lib/libm.so.6.
-> `- Found lib/libpthread.so.0.
-> `- Found lib/librt.so.1.
-> `- Found lib/libuuid.so.1.
-> `- Found usr/lib/libparted-1.7.so.1.
-> `- Found usr/lib/libreadline.so.5.
-> Copy /etc/fstab.
-> Copy stone.d.
-> Creating links for identical files.
3 links created.
-> Creating 2nd_stage_small archive.
-> Creating isofs.txt file ..
root@talena:/home/madtux/Devel/OpenSDE/trunk-dev#

root@talena:/home/madtux/Devel/OpenSDE/trunk-dev# ./scripts/Create-ErrList -cfg
system

Error logs from system-trunk-generic-x86-pentium-mmx:

208 builds total, 208 completed fine, 0 with errors.

root@talena:/home/madtux/Devel/OpenSDE/trunk-dev#

So after a few days looking into the new project OpenSDE and performing some package updates and small modifications I have decided to download packages and run some test builds for some of the archs I’m used to work with (x86, sparc, sparc64, alpha and mips), I will basically just building the generic target with the minimalistic package selection, I just want to evaluate how stable the base system is, once this is functional and estable i will move on to bigger goals.

My plans right now are taking over maintainence of the GNOME repository, implement the SELinux support and make sure the desktop target is fully funtional with XGL included.

This is where are standing so far:

== 20:03:33 =[3]=> Building filesystem/parted [1.7.1 trunk].
-> Compiler Cache enabled: 0.00% cache hits so far.
-> Reading package configuration from package directory.
-> Preparing build in src.parted.system.20060818.200331.8286.talena
-> Building. Writing output to $root/var/adm/logs/3-parted.out
*> Corrected ./ltmain.sh
-> Compiler Cache Hits while pkg build: 6.08% (11 hits, 170 misses)
-> Cleaning up ccache …
-> $root/var/adm/logs/3-parted.out -> 3-parted.log
== 08/18/06 20:06:34 =[3]=> Finished building package parted.

Creating binary package file for parted.
-> Building build/…/pkgs/parted-1.7.1.tar.bz2

== 20:06:40 =[3]=> Building develop/gdb [6.5 trunk].
-> Compiler Cache enabled: 0.00% cache hits so far.
-> Reading package configuration from package directory.
-> Preparing build in src.gdb.system.20060818.200637.30452.talena
-> Building. Writing output to $root/var/adm/logs/3-gdb.out
*> Corrected ./ltmain.sh
208 builds total, 110 completed fine, 0 with errors.

One cool thing about working on OpenSDE is the fact that I’m already quite familiar with this type of project and know the people that is involved in it, in fact some of them are close virtual friends that I’ve known for years.

More info on progress will be posted tomorrow or so.